Санитарный журнал ведется на каждом судне, имеющем право плавания под Государственным флагом Российской Федерации, независимо от формы собственности в течение всего периода его эксплуатации.
Журнал заполняется лицом командного состава, ответственным за проведение санитарно-противоэпидемических (профилактических) мероприятий на судне.
Капитан судна контролирует записи в журнале и в случае ведения журнала на бумажном носителе удостоверяет их подписью в конце каждой страницы.
Все листы в журнале, ведение которого осуществляется на бумажном носителе, должны быть пронумерованы, прошнурованы и скреплены на последней странице судовой печатью.